Kowalski studierte an der Akademie für Kunst und Kunstgewerbe in Breslau unter Hans Poelzig. 1914 bis 1918 diente er als Frontsoldat im Ersten Weltkrieg. Danach unternahm er mehrere Studienreisen nach Italien, die ihn persönlich und künstlerisch stark geprägt haben. 1927 wurde er Leiter der Studienabteilung der Breslauer Akademie, von wo er 1934 von den Nationalsozialisten als unerwünscht entlassen wurde. 1945 floh er aus Breslau und büßte dabei sein künstlerisches Werk ein. Seit 1949 lebte er in Berlin. Hier entstanden Glasfenster und andere großformatige Glaskunstwerke. Ludwig Peter Kowalski war Mitglied im Künstlerbund Schlesien, seit 1928 Deutscher Künstlerbund, seit 1926 in der Gruppe 1922 zusammen mit dem Expressionisten Otto Mueller.