Geboren als Sohn des Abraham Beer, eines Kantors jüdischer Herkunft, und seiner Frau, Fanny Form Spiro, war Eugen Spiro einer von neun Geschwistern. In seiner Heimatstadt Breslau begann er von 1892 bis 1894 ein Kunststudium unter der Leitung von Albrecht Bräuer, von 1894 bis 1897 bildete er sich bei Franz von Stuck in München fort. Anschließend folgte bis 1898 ein Studienaufenthalt in Italien. 1899 hatte er seine erste Kollektivausstellung in München und wurde 1900 Mitglied der Münchner Secession. Von 1899 bis 1904 lebte Spiro wieder in Breslau und zog dann nach Berlin, wo er in den Jahren 1904 bis 1906 mit der berühmten Schauspielerin Tilla Durieux verheiratet war, die danach eine zweite Ehe mit dem bekannten Verleger und Galeristen Paul Cassirer einging.