Paul Cassirer studierte Kunstgeschichte in München und wurde anschließend Mitarbeiter des Simplicissimus, der satirischen Wochenzeitschrift des Albert Langen Verlags. Nach seiner Übersiedlung nach Berlin gründete er gemeinsam mit seinem Cousin Bruno Cassirer am 20. September 1898 die „Bruno & Paul Cassirer, Kunst- und Verlagsanstalt“. Zusammen lernten sie die Künstler Max Liebermann und Max Slevogt kennen, die ihnen viele kulturell bedeutende Persönlichkeiten Berlins vorstellten. Die Maler waren Mitglieder der am 2. Mai 1898 gegründeten Künstlervereinigung Berliner Secession, zu der die Cassirers (u. a. auf Vorschlag des Präsidenten Liebermann) als Sekretäre berufen wurden. Dies brachte ihnen nicht nur innerhalb der Vereinigung, sondern auch auf dem Kunstmarkt eine herausgehobene Position ein.
In den folgenden drei Jahren stellten sich die Verleger zum vorrangigen Ziel, die Kunstströmung des Impressionismus zu fördern. Dazu veröffentlichen die Vetter Werke von Slevogt, Liebermann und Lovis Corinth, die ihrer Meinung nach die künstlerische Avantgarde Deutschlands darstellten. Nach einem Zerwürfnis mit Bruno Cassirer führte Paul Cassirer den Kunsthandlungszweig ab 1901 allein weiter. Beide Cousins beschränkten sich bis 1908 auf ihren jeweiligen Geschäftsbereich. Während sein Cousin den Kontakt zur „Secession“ abbrach, blieb Paul Cassirer Mitglied der Vereinigung und wurde 1912 Präsident der Gesellschaft.
Mit der Aufhebung der Sperrfrist wurde auch gleich der erste Titel von Lovis Corinth im Verlag veröffentlicht. Sein Handbuch Das Erlernen der Malerei wurde sehr erfolgreich und konnte noch im selben Jahr in die zweite Auflage gehen. 1907 holte Cassirer den Lektor Arthur Holitscher in sein Unternehmen, von dem er sich ein Gespür für neue Talente erhoffte. In den kommenden Jahren konnten Frank Wedekind, Carl Sternheim, Ernst Toller und Hermann Bahr als Autoren für den Verlag gewonnen werden. Von 1910 bis 1913 wurde hier sogar das Gesamtwerk von Heinrich Mann publiziert. Das Verlagssignet, ein ruhender Panther auf einem Baumstrunk, entwarf der Künstler Max Slevogt. Das Originalgemälde von 1901 ist heute in der Kunsthalle Bremen zu sehen.
Der Bereich der schöngeistigen Literatur umfasste in den folgenden Jahren Autoren wie Adolf von Hatzfeld, Walter Hasenclever, René Schickele und Kasimir Edschmid. Auch die Lyrikerin Else Lasker-Schüler, die von dem Verleger sehr geschätzt wurde, ließ ihre Werke bei Cassirer veröffentlichen.