Franz Magnis-Suseno entstammt der Adelsfamilie von Magnis. Seine Eltern waren Ferdinand von Magnis auf Eckersdorf und Straßnitz (1905–1996) und Maria Anna Prinzessin zu Löwenstein-Wertheim-Rosenberg (1914–2000)[1]. Sein Großvater war Anton Franz von Magnis Nach der Vertreibung der Familie 1945 nach Westdeutschland legte Franz Magnis-Suseno 1955 das Abitur am Kolleg St. Blasien ab. Danach trat er in den Jesuitenorden ein. Anschließend studierte er Philosophie und ging mit Genehmigung der Ordensoberen auf eigenen Wunsch als Missionar nach Indonesien. 1973 promovierte er an der Universität München mit dem Thema Normative Voraussetzungen im Denken des jungen Marx. Da er sich weiterhin Indonesien verpflichtet fühlte, erlernte er die Landessprache und nahm 1977 die indonesische Staatsbürgerschaft sowie den Zunamen Suseno an. In Indonesien lehrte er als Dozent an der Philosophischen Hochschule Jakarta, deren Rektor er wurde, sowie an der Universität Indonesia.
Zu seinen christlich-gesellschaftlichen Anliegen gehören u. a. die soziale Gerechtigkeit, die Solidarität mit den Armen und die religiöse Toleranz. Große Verdienste erwarb er sich um den christlich-muslimischen Dialog.
2001 erhielt er das Große Verdienstkreuz des Verdienstordens der Bundesrepublik Deutschland.[2] Die Theologische Fakultät der Universität Luzern verlieh ihm im Jahre 2002 die Ehrendoktorwürde. Die Verleihung des indonesischen Achmad-Bakrie-Preises 2007 für sein soziales Engagement lehnte Franz Magnis-Suseno ab. Die Ablehnung begründete er mit der mangelnden Hilfe der Bakrie-Gruppe für die Opfer eines Schlammvulkans, der wegen einer unterirdischen Bohrung der Firmengruppe zahlreiche Dörfer vernichtete, so dass die betroffenen Einwohner ihren gesamten Besitz verloren