Karl Heinrich von Bogatzky wurde 1690 in Niederschlesien als Sohn von Johann Adam von Bogatzky, einem österreichischen Oberstleutnant aus polnischem Adel geboren.
Schon als Kind pflegte er eine intensive christliche Frömmigkeit. Mit 14 Jahren wurde er Page am herzoglichen Hof in Weißenfels und las dort während einer dreimonatigen Krankheit die ganze Bibel durch. 1713 nahm er in Breslau ein Jurastudium auf, das er 1715 in Halle fortsetzte. Bei einem Besuch 1714 bei August Hermann Francke in Halle drang Bogatzky nach eigener Überzeugung zu einem lebendigen Glauben durch und entschloss sich am Grab seiner Mutter Eva Eleonore geb. von Kalckreuth Ende 1715 gegen den Willen des Vaters zum Theologiestudium. Dieser brach darauf den Kontakt zu seinem Sohn ab, für den er eine Offizierslaufbahn vorgesehen und bereits eine Stelle als Fähnrich in der österreichischen Kavallerie besorgt hatte.
Bogatzky konnte aufgrund seiner angegriffenen Gesundheit kein Predigtamt übernehmen, sondern wirkte als privater Seelsorger und Erbauungsprediger vornehmlich in adeligen Kreisen in Schlesien, Böhmen und Sachsen. 1726 heiratete er in Glaucha (Sachsen) seine Kusine Barbara von Felß, die durch seinen Einfluss eine Bekehrung im Sinne des halleschen Pietismus erfahren hatte. Mit ihr hatte Bogatzky zwei Söhne, die nach dem Tod seiner Frau 1734 von Freunden erzogen wurden. Er selbst lebte zunächst bei seiner Schwester in Breslau, dann am Hof des Grafen Reuß in Köstritz und ab 1740 als Kammerjunker des ebenfalls pietistisch geprägten Herzogs Christian Ernst von Sachsen-Saalfeld in Saalfeld. Nach dessen Tod erhielt der inzwischen völlig mittellose Bogatzky 1746 freie Wohnung bei Francke im Waisenhaus in Halle, wo er am 15. Juni 1774 starb.