Bederke, 1895 in Grünberg geboren, studierte ab 1913 zunächst Chemie und Physik und ab 1917 Geologie an der Universität Breslau, wo er ein Schüler von Hans Cloos war. Dort wurde er 1923 habilitiert. 1931 wurde er Professor und Direktor des Instituts für Geologie und Paläontologie in Breslau. Ende des Zweiten Weltkriegs sorgte er für eine Evakuierung eines Großteils der geologisch-paläontologischen Sammlungen aus Breslau, die so den Krieg überdauerten. Vor der russischen Besetzung 1945 floh er nach Westdeutschland, wo er 1946 ordentlicher Professor für Geologie in Göttingen wurde. Er war dort auch Kurator der geowissenschaftlichen Sammlungen.
Er befasste sich zunächst mit der Geologie der (variszisch geprägten) Sudeten, wo er einen Einfluss der kaledonischen Gebirgsbildung in den Mittel- und Westsudeten nachwies. In Westdeutschland wandte er sich zum Beispiel der Geologie des Spessarts zu.
Die Geologische Vereinigung e.V. verlieh 1963 die Gustav-Steinmann-Medaille an Erich Bederke, Göttingen in Würdigung seiner Verdienste um die Erforschung der „Geologie und Geophysik der Tiefen“.[1] Und 1948 erhielt er die Hans-Stille-Medaille. Er war seit 1961 Mitglied der Gelehrtenakademie Leopoldina.
Zu seinen Doktoranden zählt Martin Schwarzbach und zu seinen Habilitanden Alfred Neuhaus.