Sinapius stammte aus einer ursprünglich schlesischen, später nach der damals ungarischen Slowakei ausgewanderten Pastorenfamilie. Er studierte in Leipzig und erhielt 1692 eine Anstellung als Prorektor und Bibliothekar am fürstlichen Gymnasium in Oels. 1700 wurde er zum Rektor und Erzieher der Herzogssöhne ernannt. Im Jahre 1707 folgte er der Berufung als Rektor am Vereinigten Gymnasium zu Liegnitz, als welcher er bis zu seinem plötzlichen Tode im Jahre 1725 wirkte.
Er hinterließ zwei große Werke, die zweibändige "Olsnographia, Beschreibung des Oelsnitzer Fürstentums" (Leipzig und Frankfurt 1707) und zwei Bände der "Schlesischen Curiositäten", die sehr lange als Grundlage der schlesischen genealogischen Forschung dienten: "Schlesischer Curiositäten erste Vorstellung" (Leipzig 1720) und das postum herausgegebene Buch "Des Schlesischen Adels anderer Theil oder Fortsetzung Schlesischer Curiositäten" (Leipzig 1728). Die beiden sehr sorgfältig, durch genaues Studium der Quellen (die er in der Vorrede aufzählt) ausgearbeiteten Bücher boten eine bis dahin noch nie gesehene Fülle von Nachrichten.
Johann Sinapius war seit 1694 mit Maria Elisabeth Titz aus Oels verheiratet, die 1755 starb.