Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde seine Familie aus Schlesien vertrieben und kam ins Rheinland. Peter Beier legte 1955 sein Abitur in Grevenbroich ab und studierte anschließend Evangelische Theologie in Heidelberg, Bonn und Wuppertal. Von 1963 bis 1989 war Beier Pfarrer der Evangelischen Gemeinde zu Düren und zugleich von 1972 bis 1989 Superintendent des Kirchenkreises Jülich.
Peter Beiers Theologie war geprägt von Rudolf Bultmann. Er trat für neue Perspektiven in der Gemeindegestaltung und für neue Bekenntnisformulierungen ein.
Anfang der 1980er Jahre engagierte sich Beier in der kirchlichen Friedensbewegung, die sich gegen die Pläne der damaligen Bundesregierung unter Kanzler Helmut Schmidt wandte, in Deutschland neue Pershing II-Raketen aufzustellen. Beier war seit 1969 Mitglied der Landessynode der Evangelischen Kirche im Rheinland und seit 1980 Mitglied der Synode der Evangelischen Kirche der Union. Die Landessynode wählte Beier am 11. Januar 1989 zum Präses der Evangelischen Kirche im Rheinland. Als Präses hat er sich besonders um ein erneuertes Verhältnisses von Christen und Juden auf der Grundlage des rheinischen Synodenbeschlusses von 1980 verdient gemacht.
Beier starb in den Morgenstunden des 10. November 1996 an den Folgen eines Herzinfarktes.
Die Evangelisch-TheologischeFakultät der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn und der Fachbereich I (Philosophie - Religionswissenschaft – Gesellschaftswissenschaften) der Gerhard-Mercator-Universität-Gesamthochschule Duisburg verliehen ihm Ehrenpromotionen.