1916 in Schlesien geboren, studierte er nach der Matura ein Jahr in Königsberg (heute Kaliningrad genannt) Mathematik und Physik.[1] 1937 kam er nach Innsbruck wo er bei Arthur Wagner Meteorologie studierte und 1940 promovierte. Habilitation an der philosophischen Fakultät Innsbruck 1949 mit einer Arbeit über „Die interdiurnen Änderungen von Druck und Temperatur in der unteren Troposphäre bis 5 km Höhe und ihre gegenseitigen Beziehungen in statistisch-synoptischer Betrachtungsweise“.
1956 trat er die Nachfolge von Prof. Albert Defant an und war bis zu seinem Tod Vorstand des Instituts für Meteorologie und Geophysik [2] der Universität Innsbruck.
Er war einer der führenden Gazialmeteorologen der Welt. Schon 1939 und 1940 hat sich Hoinkes mit Längenmessungen alpiner Gletscher befasst. Er entwickelte mikrometeorologische Methoden, um den Wärme- und Massenhaushalt eines Gletschers besser bestimmen zu können. Dabei hatte er etliche messtechnische Probleme unter Extrembedingungen zu lösen, was ihm mit Hilfe seiner engagierten Mitarbeiter auch vorzüglich gelang. Ab 1952 leitete er die intensiven Messungen am Hintereisferner in den Ötztaler Alpen.Durch diese subtilen Untersuchungen und Messungen konnte der Wärme- und Strahlungshaushalt eines Gletschers sehr gut bestimmt und verstanden werden.Er konnte auch beweisen, dass der Gletscherwind nicht konservierend auf das Gletschereis wirkt sondern einen Wärmegewinn für den Gletscher bewirkt.
Da die Massenänderungen von Gletschern nicht nur vom Mikroklima der unmittelbaren Umgebung abhängen, hat sich H. Hoinkes in seinen letzten Jahren verstärkt mit dem Zusammenhang zwischen Klima- und Gletscherschwankungen auseinandergesetzt. Gemeinsam mit Mitarbeitern des meteorologischen Instituts in Innsbruck gelang es ihm, eine Methode zu entwickeln, um aus Messdaten einer Klimastation in Gletschernähe auf Massenänderungen eines Gletschers schließen zu können.
Doch seine Forschungstätigkeit beschränkte sich nicht nur auf alpine Gletscher. Während des internationalen Geophysikalischen Jahres 1957/58 nahm er auch an einer Antarktis-Expedition der USA teil, wo man ihm die Leitung einer glazial-meteorologischen Forschungsstation (Little America III)am Ross-Schelfeis übertrug. Er leistete dadurch einen wesentlichen Beitrag zur Erforschung des Wärme- und Strahlungshaushalts der Antarktis.
In der Zeit von 1963–1967 war Hoinkes Präsident der Internationalen Kommission für Schnee und Eis der Internationalen Assoziation für Hydrologie der Internationalen Union für Geodäsie und Geophysik und von 1967–1971 deren Vizepräsident. Nach dem Tode von Raimund von Klebelsberg übernahm Hoinkes ab 1970 – gemeinsam mit Hans Kinzl – die Herausgabe der Zeitschrift für Gletscherkunde und Glazialgeologie.
Hoinkes war korrespondierendes Mitglied der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, Mitglied der Deutschen Akademie der Naturforscher Leopoldina in Halle, korrespondierendes Mitglied der Bayerischen Akademie der Wissenschaften und der Akademie der Wissenschaften und der Literatur in Mainz.
Für seine besonderen wissenschaftlichen Leistungen wurde er mit dem Verdienstkreuz für Wissenschaft und Kunst I. Klasse der Republik Österreich ausgezeichnet.