Ursinus, der einer Sitte seiner Zeit folgte und seinen Namen latinisierte, wurde in seiner Breslauer Jugendzeit von Ambrosius Moibanus theologisch beeinflusst. Zunächst studierte er an der Universität Wittenberg, wo er sich Philipp Melanchthon anschloss. Nach einer Studienreise, die ihn nach Genf zu Johannes Calvin und dann nach Paris führte, war er zunächst in seiner Vaterstadt Breslau als Lehrer an der Elisabethschule tätig.
1561 berief ihn Kurfürst Friedrich III. an die Universität Heidelberg, an der er im Jahr darauf in Theologie promovierte. Dort entwarf er auch die pfälzische Kirchenordnung und gab 1563 mit seinem Kollegen Caspar Olevian den Heidelberger Katechismus heraus, die wohl bedeutendste Bekenntnisschrift der reformierten Kirche Deutschlands.
Nach dem Tode seines Gönners Friedrichs III. (1576) weigerte sich Ursinus, die Konkordienformel zu Gunsten des Luthertums zu unterschreiben, und musste deswegen die Universität Heidelberg verlassen. Am Casimirianum in Neustadt fand er eine neue Lehrstätte. Er eröffnete seine Tätigkeit am 26. April 1578 mit einer Vorlesung über den Propheten Jesaja. In Neustadt erschien auch sein letztes größeres Werk, die „Admonitio Christiana“. Dabei handelt es sich um eine scharfe Widerlegung der Konkordienformel.
Ursinus verstarb 1583 im Alter von nur 49 Jahren und wurde in der Neustadter Stiftskirche beigesetzt. Aus der Reihe der theologischen Gelehrten, die am Casimirianum tätig waren, ragt er besonders heraus, und hauptsächlich ihm verdankt das Casimirianum seine damalige Berühmtheit.